O cloridrato de clomipramina é usado para tratar a depressão e distúrbios do humor.
Outras condições psicológicas que podem ser tratadas com cloridrato de clomipramina são as obsessões, estados de pânico e fobias (medo irracional), condições de dor crônica e fraqueza muscular (cataplexia) associados com ataques repetidos de sonolência excessiva (narcolepsia) em adultos, ejaculação precoce.
Em crianças acima de 5 anos, cloridrato de clomipramina é utilizado para tratar obsessões e incontinência urinária noturna.