A eficácia do Fluxene para tratamento a longo prazo, ou seja, por mais de 5 ou 6 semanas, não foi sistematicamente avaliada em pesquisas clínicas controladas.
Dessa maneira, o médico que prescrever o uso do Cloridrato de Fluoxetina por períodos prolongados deve reavaliar periodicamente a utilidade em longo prazo da droga para cada paciente.
O cloridrato de fluoxetina é contraindicado em pacientes hipersensíveis a essa droga.
Tem havido relatórios de reações graves e algumas vezes fatais (tais como hipertermia, rigidez, mioclonia, instabilidade autonômica com possíveis flutuações rápidas dos sinais vitais e variações no estado mental, incluindo agitação extrema progredindo ao delírio e coma) em pacientes que estão recebendo Cloridrato de Fluoxetina em combinação com inibidor da MAO ou interromperam recentemente com o Cloridrato de Fluoxetina e iniciaram o tratamento com um inibidor da MAO.